A história começa 10 anos depois do fim de Dragon Ball Z, quando Son Goku é transformado numa criança de 10 anos devido às Black Star Dragonballs e tem que ir à procura delas para voltar ao normal. Isto leva Goku, junto com a Pan e o Trunks, a atravessar a Galáxia, por onde elas se espalharam. Durante as suas viagens eles passam por muitas aventuras. Conhecem Baby que pertence à espécie mais inteligente do Universo e que foi quase toda eliminada pelos Sayajins. Baby foi robotizado pelo Doutor Myuu. Ele chega à Terra, implanta ovos em quase todos os terrestres e toma controle do corpo do Vegeta. Quando Goku volta à Terra, quase todos os humanos estavam a ser controlados por Baby, até mesmo Dende. Com isso, Goku teve de lutar contra os seus próprios filhos, Gohan e Goten, e depois aparece Baby Vegeta. Lutou contra Baby Vegeta, mas perdeu. Quando Baby mandou seu golpe mortal, (A Grande Bola de Rancor), Goku foi salvo por Kibitoshin. no entanto, devido a influencia das energias da Grande Bola de Rancor, Goku foi telepotado para o universo dos enigmas. quando conseguiu sair de lá. resolveu fazer o mesmo treinamento com o Supremo Kaioshin fez em Gohan.Teve de voltar ao mundo para voltar a lutar contra Baby Vegeta, matou Baby quando Baby saiu do corpo de Vegeta, foi para a sua nave, e o herói fez um Kamehameha na nave de Baby quando estava a passar pelo Sol, e assim projectou Baby para o Sol. Pórem, Dende entregou as Black Star Dragon Balls a Baby e este pediu que fizesse um novo planeta, Tsuful (onde Goku e Baby lutaram), e a Terra ia ser destruída, e então todos os heróis decidiram teletransportar para outro planeta os humanos, mas Piccolo fica na Terra e morre. Mas tudo continua quando, no Inferno, Dr. Myuu e Dr. Gero fazem outro Andróide 17, para formarem o melhor Andróide até à data, Super 17, que, bastante depressa se torna numa ameaça, e Goku luta contra ele, mas é completamente dominado, porque Super 17 podia absorver poder, mas 18, que queria vingar a morte de Kuririn, aparece e atira ataques de KI a Super 17, no qual ele absorve, mas isso foi o suficiente para distraír o Super Andróide, e Goku, enquanto Super 17 absorvia os ataques de 18, Goku transpassa a barriga de Super 17 com o punho do Dragão, e depois para matá-lo com um Kamehameha. Goku foi pedir ao Dragão Sagrado que ressuscitasse todas as pessoas que tinham sido mortas, mas as Dragon Balls estão a mudar. Aparecem vários ShenLongs Malignos, e Goku derrota-os um a um, mas quando o ShenLong original aparece sem sequer ser chamado, diz que não vai fazer mais nenhum desejo, mas Goku convence-o faz um último desejo. Que era ressuscitar todas as pessoas da Terra que foram mortas por Ii-Shenlong e depois Shenlong fala que Goku tem que ir junto com ele, pois ficou muito poderoso.Após Goku ir com Shenlong,Vegeta morre por causas naturais.Pan já está bem velha e seu bisneto,Goku Jr,que é parecidíssimo com Goku,participa do Torneio de Artes Marciais onde luta na final contra Vegetta Jr,e esse é trineto de Trunks.Os dois lutam enquanto o espírito de Goku aparece pela última vez assistindo a luta dos jovens Sayajins.
Sagas Resumidas
Saga Baby
Dragon Ball GT começa quando o nosso antigo "conhecido" Imperador Pilaf escala a Torre de Karin com seus capangas e encontra as sete esferas do dragão reunidas em uma das salas do Templo de Kami-Sama. Estas são as Dragon Ball do Universo. Ele invoca Shenlong, mas Goku aparece de repente e Pilaf diz que preferia que Goku voltasse a ser uma criança pois era bem mais facil de engana-lo. Shenlong pensa que esse era o desejo de Pilaf e transforma Goku em uma criança. Seu poder diminui um pouco, mas ele continua com a mesma memória. Mas em vez das esferas se espalharem pela Terra, elas se espalham pelo Universo, e o pior é que se não forem reunidas no prazo de 1 ano, a Terra explodirá. É formada a equipe de super buscadores: Goku, Trunks e Goten, mas derepente Pan sem querer acaba dando a partida na nave e somente Goku, Trunks e Pan vão atrás das esferas. Eles passam por vários perigos mas conseguem derrotar todos os seus inimigos. Em uma dessas aventuras eles vão para o planeta natal de Gill. Lá enfrntam o Dr. Mill e um ser muito estranho chamado Baby. Eles pensam ter derrota-los e após alguns meses, regressam à Terra e entregam as esferas a Dende. Mas acontece que na Terra o inimigo que eles pensaram ter derrotado, tinha possuido todos os habitantes da Terra com excessão do Sr. Boo, Mr.Satan e Oob. Baby era o único sobrevivente da extinta raça Tsufurujin e que buscava vingança contra qualquer Sayajin.Ele se instalou no corpo de Vedita, virando Baby-Vedita. Este vilão possui seus servos entrando no seu corpo como se fosse um líquido. Como Dende também foi dominado por ele, as esferas foram parar direto no seu colo. Ele invoca Shenlong e pede que ele reconstrua um planeta igual ao Planeta Plant, seu local de origem. Agora, um pouco da população infectada com a larva de Baby está sendo transportado para o novo Planeta Plant. Pan, Mr. Boo e Mr. Satan que embarcaram na nave que levava a população para o novo planeta, tentavam fazer com que os habitantes da Terra voltassem ao normal, mas Gohan ataca sua própria filha e se não fosse por Oob, ela morreria. Goku e Baby-Vegeta começam uma luta estrondosa, mas Baby leva vantagem. Como Goku quase morre com uma bola de rancor de Baby, Kibitoshin o teletransporta para uma dimensão onde ele terá que jogar o jogo falso do único habitante de lá, mas Goku descobre que estava sendo roubado e o lugar começa a desmoronar. Kibitoshin aparece e o salva, junto com os habitantes do lugar e os leva ao Planeta Supremo.
Oob batalha com Baby e quando vai levar o golpe mortal, Mr. Boo entra no meio e é explodido de dentro pra fora. Mr. Boo se junta a Oob, e este forma um novo ser com a mesma aparência de Oob, mas com muito mais força. Na batalha contra Baby, ele é absorvido. O velho Dai Kaiohshin encontra uma solução: fazer com que o rabo de Goku volte a crescer. Goku se submete aos métodos do velho para que seu rabo volte a crescer. Depois que seu rabo cresceu novamente, ele volta ao Planet Plant e luta com Baby na forma de Super Sayajin 3, e toma outra surra. Ele começa a olhar para a Terra e se emociona e recebe uma carga de Raios Bluts, transformando-se em Oozaru Gold. Mas ele só alcançaria o próximo estágio se conseguisse dominar por completo esse estágio. Pan se aproxima e tenta de todas as formas fazer Goku retomar a conciência, mas ele só se lembra quando vê uma foto de família e começa a assumir outra forma, o Super Sayajin 4. Desta vez parece que Goku irá vencer, mas graças a Bulma, Baby-Vegeta consegue se transformar em Oozaru Baby-Vedita e os poderes novamente se equilibram. Próximo ao fim da luta os dois estão acabados e deitados no chão, quando Gohan, Goten e Trunks que haviam voltado ao normal graças a Agua Sagrada, se reúnem em volta de Goku e lhe dão um pouco de seu poder Sayajin e assim Goku se recupera. Goku deixa Baby-Vedita a beira da destruição e Baby sai do corpo de Vedita. Baby foge em sua nave, mas Goku o acerta com um Kame Hame Ha e o manda direto para o Sol. Pan começa a fazer algumas contas e chega a conclusão que a Terra explodirá em apenas duas semanas. Todos estão sendo transportados para o Planet Plant e estão recebendo a Água Sagrada que os curará da larva de Baby. A Terra está preste a explodir e Piccolo decide partilhar do mesmo destino que ela. Gohan pede a ele que não faça isso, mas é em vão.
Saga Super #17
Dr. Gero ( mais uma vez) e Dr. Myuu acabam de criar o Andróide Artificial N°#17. Eles abrem um portal e voltam do inferno para o mundo dos vivos. O Andróide Artificial N°#17 procura o Andróide Original N°#17 para se fusionarem. O Andróide Nº #17 encontra com a Andróide Nº #18 e Kuririn e acaba matando-o. Os dois Andróides Nº #17 se fusionam formando o Super Andróide Nº #17. Cell e Freeza foram recuperados e melhorados e estão querendo dominar o inferno. Goku é enganado e vai até o inferno reenfrentar seus antigos adversários. Super Andróide Nº #17 começa a destruição na Terra e nossos amigos sem Goku não tem a mínima chance. Dr. Gero e Dr. Myuu são assassinados pelo Super Andróide Nº #17. Todos os vilões escapam do inferno e nossos amigos tem que derrotá-los novamente. Goku acaba com Cell e Freeza, mas está preso no inferno. Piccolo começa a fazer uma tremenda bagunça no céu e é mandado para o inferno. Pícollo e Dende abrem um portal e Goku volta a Terra. Agora Goku e Super Andróide Nº #17 travam uma batalha de forças inalcançáveis. Mas Goku é superior e com a ajuda da Andróide Nº #18 derrota o Super Andróide Nº #17. As Esferas são reunidas e Kuririn está prestes a ser ressuscitados, mas quando Shenlong é invocado, aparece um Shenlong demoníaco.
Saga dos Evil Shenlongs
Ele explica que as Esferas do Dragão estão rachadas pela carga negativa que acumularam durante os anos, com os pedidos feitos a elas. Esse Shenlong se divide em 7 Shenlongs perversos. Cada um defende uma respectiva Esfera. Cada um com seu respectivo elemento e quando acham seu elemento assume sua verdadeira identidade. Goku e Pan vão atrás desses Shenlongs maus. O primeiro é Ryan-Shenlong. Ele foi criado a partir do desejo de Goku para ressuscitar Bora, seu amigo índio. Ele defende a Esfera de duas estrelas e seu elemento é a água contaminada. Goku e Pan o derrotam e a Esfera de duas estrelas volta a existir. O próximo é Uu-Shenlong. Este Shenlong maligno protege a Esfera de cinco estrelas e nasceu do desejo que ressuscitou Goku da luta com Raditz. Seu elemento é a eletricidade, se enfraqueceu com a chuva que caiu. Foi derrotado e a Esfera de cinco estrelas volta a existir. Ryuu-Shenlong é o próximo a enfrentar Goku e Pan. Ele defende a esfera de seis estrelas e seu elemento é tempestades e furacões. Ele nasceu quando Oolong pediu calcinhas a Shenlong. Goku o derrotou facilmente e a esfera de seis estrelas volta a existir. O nosso próximo adversário é Chii-Shenlong, que nasceu do pedido de Bulma para que as pessoas mortas por Majin Vegeta voltassem a vida. Seu elemento é a Terra e a Esfera que ele protege é a de sete estrelas. Absorveu Pan e a usou como escudo contra Goku. Goku a salvou e o derrotou recuperando a esfera de sete estrelas. O seguinte é Suu-Shenlong. Este nasceu do desejo de Piccolo Daimaoh voltar a ser jovem e mais forte. Protege a Esfera de quatro estrelas e seu elemento é o Sol e o Fogo. No meio da luta de Goku e Suu-Shenlong, aparece San-Shenlong que é o Dragão do Gelo e Água, ele é irmão de Suu-Shenlong, e protege a Esfera de três estrelas e foi criado do desejo de reconstruir a Terra na Saga Boo. Ele fica debochando de Suu-Shenlong. É derrotado e a batalha entre Goku e Suu-Shenlong recomeça. Mas uma vez a batalha é interrompida, pois Li-Shenlong mata Suu-Shenlong. Li-Shenlong protege a Esfera de uma estrela. Goku acaba levando uma surra de Li-Shenlong e quase morre, mas graças a Gohan, Gotem, Trunks e Oob ele consegue recuperar seu poder total e superar os poderes do Super Sayajin 4 e é superior a Li-Shenlong, mas ele é bem resistente. Ele rouba as Esferas de Pan e as absorve, se tornando um Super Guerreiro. A luta segue quase equilibrada com uma breve vantagem de Li-Shenlong. Bulma reconstrói a máquina que ajudou Baby-Vegeta a se transformar em Oozaru e agora a usa em Vedita. Ele se transforma em Oozaru Gold e conseqüentemente em Super Sayajin 4. Finalmente, pela última vez, Vedita teve a chance se igualar seus poderes aos de Goku, e dessa vez ele nem passou, nem ficou atrás, ele igualou mesmo. Os Super Sayajins 4 possuem o mesmo poder independente de quem seja. Agora os dois Sayajins de sangue puro, os verdadeiros Lendários Super Sayajins estão prestes a começar uma pavorosa luta contra Li-Shenlong. Vedita revela a Goku que nunca conseguirão vencer Li-Shenlong separados e propõe a fusão. Eles a realizam através da dança Metamoru. Surge diante de todos o Guerreiro mais poderosos do Universo e também o mais brincalhão, já que sua personalidade é mais para o lado de Goku, seu nome é Gogeta. Gogeta deixa Li-Shenlong a beira da destruição, assim, Li-Shenlong acaba cuspindo as esferas. Gogeta está preste a aplicar o golpe final quando… a fusão acaba. Li-Shenlong consegue recuperar as esferas, menos a de quatro estrelas, pois Goku a engole, para o Dragão não alcançar poder total novamente. A esfera aparece na testa de Goku e é purificada, assim Suu-Shenlong aparece.
Goku e Vedita tentam uma nova fusão, mas Goku regressa ao seu estado de criança. Suu-Shenlong volta a ser destruído por Li-Shenlong num combate emocionante. Goku, sem alternativa, parte para cima de Li-Shenlong, e este dispara um ataque mortal e Goku cai dentro de uma cratera desmaiado. Vedita também parte para cima, mas é derrotado, voltando a sua forma normal. Mas ele não desiste e volta ao combate, mas dessa vez ele cai mesmo e bem perto da cratera onde Goku está. Vedita começa a rir e debochar do Dragão, que a principio não entende o que acontece. Li-Shenlong se surpreende ao ver que do fundo da cratera, Goku sai com as mãos para cima, numa última esperança acumulando as energias dos planetas que ele visitou para formar a maior Genki-Dama. Goku destrói Li-Shenlong. As Esferas do Dragão voltam ao normal. Shenlong aparece sem que ninguém tenha chamado e diz que não realizará mais nenhum desejo devido aos problemas que as esferas causaram. Goku consegue convencê-lo a realizar um último desejo, que ressuscite todas as pessoas mortas na batalha, inclusive Kuririn. Shenlong realiza o desejo e pede a Goku que suba em suas costas. Vedita fica louco de raiva, mas Goku pede a ele que confie em Shenlong. Shenlong parte com Goku. ChiChi está preparando uma grande festa para a volta de Goku. Goku visita todos os seus amigos juntamente com Shenlong. Goku deita-se nas costas do Dragão e as Esferas entram em seu corpo. Goku desaparece no horizonte e somente suas roupas ficam caídas no chão. Pan pergunta a Vedita se Goku retornará. Vedita responde que não. Cem anos se passam, Pan está vendo seu neto, Goku Jr. Lutar no Torneio de Artes Marciais contra Vedita Jr., um descendente óbvio de Vedita. Pan está assistindo da platéia e repentinamente vê Goku, do outro lado do estádio. Logo, ela percebe que é só o espírito de Goku assistindo com orgulho a luta de seu tataraneto. Goku desaparece e então Dragon Ball chega ao seu final.